И по дизайну и по конструкции Toledo резко изменился в 1999 г., когда появилось второе поколение, созданное на платформе Golf IV, которую VW использует также для Skoda Octavia, Audi A3 и других моделей. С этого момента Toledo окончательно становится равным соперником для Golf и его одноклассников.

ДЕФЕКТЫ И НЕИСПРАВНОСТИ. До конца 1992 г. самым большим недостатком Seat Toledo 1991 —1999 г. в. было низкое качество, которое выражалось, например, в неплотном прилегании к кузову сдвижного люка в крыше. Двигатели производства VW предрасположены к появлению негерметичности системы охлаждения, а также утечке масла. К целому ряду трудноустранимых повреждений приводят дефекты зубчатых ремней — особенно этому подвержены бензиновые моторы 1992 и 1995 г. в. и появившийся в 1995-м TDI. Турбодизели 1993 —1994 г. в. страдают склонностью к перегреву. Намного реже встречаются неисправности иммобилайзера и датчиков опережения зажигания.
Seat Toledo выпуска 1999 г.: второе поколение моделей однозначно надежнее предшествующего. В отдельных случаях фиксировались дефектные замки зажигания, иммобилайзеры (особенно на авто 1999 г. в.) и стояночный тормоз, а также соскальзывающие шланги наддувочного воздуха (в турбодизелях) и прогоревшие прокладки головки блока цилиндров.